La investigación es un componente fundamental en las acciones de AGA y en primera instancia, se priorizó el desarrollo de proyectos que nos permitan obtener información sobre la presencia y distribución del gato andino. El trabajo coordinado y establecimiento de una base de datos común, permitió realizar un estudio de la genética poblacional de gato andino y el desarrollo de un modelo de distribución global para el gato andino.

Ver mapa de la distribución del Gato Andino

A partir de nuevos registros de su presencia en el sur de Argentina, se conoce ahora que esta especie se encuentra, no sólo en los ambientes altoandinos sino también en la Estepa Patagónica y hábitats arbustivos, a una altitud de 650 m. Por otro lado, el estudio de genética poblacional indica que el gato andino tiene una baja diversidad genética, habiéndose identificado dos poblaciones distintas que deben ser consideradas como dos "Unidades Evolutivas Significativas-UES"; una UES es la población que habita en las tierras altas y la segunda UES la población en la estepa patagónica.
Mediante el uso sistemático de cámaras trampa, se ha estimado densidades poblacionales de gato andino tanto en el noroeste de Argentina como en el centro oeste de Bolivia, las cuales han sido de 7 y 1.8 individuos en 100 Km2 respectivamente. Sin embargo estos valores son considerados bajos, ya que ambas áreas presentan condiciones de habitat óptimas para la especie.

Igualmente, compartiendo los resultados generados a través de cámara trampeo, se ha generado información sobre los patrones de actividad del gato andino. También se ha avanzado en el conocimiento de su dieta.

En el 2004, a partir del seguimiento de un gato andino y un gato de pajonal con radio-collares se estudió el rango de hogar y los patrones de actividad y movimiento en el suroeste de Bolivia; actualmente en el noroeste de Argentina se les coloco radiocollar a 6 pajonales y 5 andinos.