El sistema montañoso Andino, en el que se encuentra el gato andino, pertenece a los Andes Centrales y parte de los Andes Meridionales y comprende una serie de cadenas montañosas que dan lugar a varias eco-regiones, de las cuales tres son importantes para el gato andino; la eco-región alto Andina, la Puna y la Estepa Andina del Sur.

La región alto andina comprende las altas montañas de la cordillera Andina. La altitud promedio de esta región varía entre los 3000 m en su parte más austral o sur (Argentina) hasta más de los 4400 m hacia el norte (Bolivia y Perú). La Puna, que se encuentra a menores alturas, entre los 3200 y 3700 m, se caracteriza por la presencia de extensas y altas mesetas planas a onduladas que son atravesadas por cordones montañosos.

En ambas eco-regiones el clima es extremo, en general frío y seco con intensa radiación solar y grandes amplitudes térmicas diarias; las temperaturas medias anuales varían entre menos de 0º a 4ºC y entre 8 y 9ºC, siendo los valores más bajos para la región alto andina. Las precipitaciones son también bajas y varían desde menos de 100 hasta 800mm anuales, siendo más abundantes en el verano; en la región alto andina la precipitación es mayormente en forma de granizo o nieve. A lo largo de toda la cordillera Andina las condiciones climáticas varían de noreste a suroeste; hacia el sur la precipitación disminuye, la estación lluviosa es más corta y las condiciones de aridez son mayores.

La fauna y flora es similar para ambas eco-regiones, adaptadas a ambientes fríos y de extrema aridez en algunos casos. Las plantas muestran adaptaciones fisiológicas y anatómicas (hojas pequeñas, duras y escamosas, crecimiento en forma de cojines o placas, etc.) y los animales muestran además adaptaciones conductuales.

La vegetación esta caracterizada por la presencia de pastizales bajos con predominancia de gramíneas de los géneros Calamagrostis, Stipa, Festuca, etc. y plantas en roseta. Los arbustos están representados principalmente por la thola (Parastrephia spp. y Lepidophyllum spp.). A medida que las condiciones climáticas son más extremas, la vegetación es de porte más bajo y se encuentra más dispersa. En las zonas rocosas de origen volcánico crecen cojines de yareta (Azorella compacta) y la queñoa (Polylepis spp.), especie arbórea pero de porte arbustivo que se ha adaptado a estas condiciones de altura.

La presencia de bofedales o vegas es también característica en estos ambientes de altura y éstos son un recurso muy importante para la fauna silvestre y doméstica que habitan en estos sitios. Los bofedales son formaciones vegetales alimentadas en forma permanente por corrientes de agua que normalmente provienen de los deshielos y donde se encuentran especies vegetales que forman grandes cojines (Distichia spp. y Oxichloe spp.), así como otras juncáceas y hierbas hidrófilas.

La fauna en ambas regiones es similar, entre los carnívoros, además del gato andino se encuentran el gato de las pampas (Oncifelis colocolo), el puma (Puma concolor), el zorro andino o colorado (Pseudalopex culpaeus), el hurón menor (Galictis cuja) y el zorrino (Conepatus chinga); en Argentina también se encuentra el zorro gris (P. griseus). Los herbívoros están representados por la vicuña (Vicugna vicugna), el guanaco (Lama guanicoe), el venado andino o taruka (Hippocamelus antisensis y una variedad de roedores, resaltando la vizcacha (Lagidium viscaccia y L.peruanum) como presa principal del gato andino. La chinchilla de cola larga (Chinchilla lanigera) se encuentra en Chile y es posible que aun existan pequeñas poblaciones de la chinchilla de cola corta (Chinchilla brevicauda) en las zonas altas de Chile y Bolivia. El cóndor andino (Vultur gryphus), el suri o ñandú (Pterocnemia pennata) y las tres especies de flamencos (Phoenicoparrus andinus, Phoenicoparrus jamesi y Phoenicopterus chilensis) son los representantes típicos de estas regiones, sin embargo una variedad de avifauna acuática tiene una presencia muy importante, en especial en la región alto-andina.

En años recientes se descubrió la presencia de gato andino en la eco-región de la estepa andina del sur, en las provincias argentinas de San Juan y Mendoza. Esta región se extiende a lo largo de las montañas de la zona central y occidental de Argentina y la parte colindante de Chile, e incluye muchos de los picos más altos de América del Sur. Es una zona predominantemente seca, con un gradiente pluvial en dirección norte-sur de 200 a 600 mm, aumentando las precipitaciones también con la altitud. Los límites altitudinales máximos de vegetación se encuentran aproximadamente a los 5000 msnm al norte y a los 3000 msnm en la zona más al sur.

Varios géneros florales que son característicos de esta eco-región han evolucionado hacia varias especies endémicas. Las plantas frecuentemente muestran adaptaciones a condiciones de sequedad extrema, frío y viento y frecuentemente presentan espinas y defensas anti-herbivoría, junto con flores muy conspicuas para atraer a los polinizadores. La fauna de esta región está relacionada con las de las zonas vecinas, especialmente con la de la Puna central y la estepa patagónica.

Estado de Conservación

Una evaluación del estado de conservación de las ecoregiones de América Latina sitúa a la región puneña (incluyendo la región alto andina) de los Andes Centrales, en la categoría de Vulnerable, y dentro de los niveles de más alta prioridad para su conservación a nivel regional.

La estepa andina del sur es una zona poco poblada y actualmente no presenta amenazas serias en cuanto a alteración de hábitat, por lo que se la considera como relativamente estable. No obstante, es importante tomar en cuenta en el futuro que las actividades como turismo y montañismo, actualmente en crecimiento, así como el desarrollo de una agricultura a gran escala y cría de ganado pueden tener mayores impactos. Igualmente la introducción de especies exóticas y la caza de mamíferos nativos pueden también alterar los ecosistemas de esta región.